LA PCR DIGITAL PARA EL ANALISIS DE ADN TUMORAL.

| Noticias | por Mayte Sisó     Nuestro alumno, del ciclo superior de laboratorio clínico y biomédico, Jordi Lizana y con la supervisión de uno de nuestros docentes del ciclo de laboratorio, Grabiel delgado, ha realizado un interesante artículo sobre genética molecular y su diagnóstico en los laboratorios. Jordi Lizana LA PCR DIGITAL PARA EL ANALISIS DE ADN TUMORAL Hace unos tres años empecé a tener un gran interés por la genética molecular y su diagnóstico en los laboratorios.  A raíz de esto elegí el ciclo formativo de técnico de laboratorio para conocer y entender mucho más de cerca esta impresionante disciplina. A lo largo del desarrollo de la asignatura de genética molecular he conocido muchas técnicas que se utilizan de manera rutinaria, desde sus inicios hasta sus usos actuales. Una de las más utilizadas es la PCR, famosa desde la irrupción de la COVID-19 en nuestras vidas.  Esta técnica tiene diferentes variantes y adaptaciones de uso diagnostico como por ejemplo la Realtime-PCR,  Multiplex-PCR , NESTED PCR o la ARMS PCR, pudiendo con ellas, además de detectar las secuencias de nuestro interés, cuantificarlas. Una de las técnicas que más me ha sorprendido es la conocida como PCR digital (dPCR). Esta variante de la PCR es posiblemente la más sensible que existe actualmente y  fue implementada en los laboratorios de genética molecular hace unos 7 o 8 años de manera rutinaria.  La dPCR es la única de las PCR a tiempo real que permite una cuantificación absoluta, es decir, nos permite saber la cantidad exacta de ADN que había originalmente en la muestra de partida. La principal aplicación  de esta técnica en el diagnóstico clínico es la detección  de ADN proveniente de tumores realizando biopsias liquidas. Estas biopsias permiten obtener el material genético de un tumor con una prueba no invasiva como la extracción de sangre periférica. A través de esta técnica podemos obtener millones de copias del material genético. Para ello se deben diseñar sondas específicas para que hibriden con la secuencia de ADN, tanto para el ADN sano como para el mutado. Se utilizan las sondas Taqman© que están formadas por una molécula (floroforo) que emitirá fluorescencia y otra (quencher) que capta esta fluorescencia al encontrarse en sus proximidades. Como se necesita cuantificar moléculas que se encuentran en  un número extremadamente bajo, esta técnica se repite entre 12.000 a 15.000 reacciones por muestra para así detectar el alelo mutado el cual pertenece al tumor. La técnica es muy sensible y exacta porque nos permite cuantificar muestras con una ratio del 0,01%. Para realizar esta técnica se conocen diferentes métodos: uno se conoce como dPCRemulsion donde se le añade a la muestra un aceite especifico que la dividirá en pequeñas gotitas, formando unas 12000-15000 microesferas, dentro de cada una de las cuales tendrá lugar una reacción de PCR. Luego se procederá al recuento de esta señal fluorescente, gota a gota analizándolas una por una con contadores de alta precisión. El otro método es conocido como la dPCR con método Array,  donde se subdivide la muestra sobre una placa de 20.000 pocillos. En este caso se realiza una PCR independiente en cada pocillo y finalmente un escáner leerá la señal fluorescente.  Con esta técnica se pueden detectar en estados muy incipientes tumores como neoplasias mieloproliferativas donde se producen trastornos de la medula ósea originando un aumento células sanguíneas.  Un ejemplo donde se aplica esta técnica es en la detección las mutaciones en el gen de la proteína JAK2. Esta mutación provoca una activación continua y descontrolada de la producción de células sanguíneas provocando diversos cánceres hematológicos. Gracias a la PCR digital y su finalidad de detectar tumores en etapas tempranas ha permitido que el tratamiento a posteriori del tumor sea menos dañino para el paciente ya que éste es diagnosticado cuando su tamaño es reducido y tiene un mejor pronóstico. Jordi Lizana